O programa de Pós-graduação em Clínica Médica, um dos primeiros em clínica no Brasil, tem como objetivo geral proporcionar a formação cientifica aprofundada a pesquisadores, visando desenvolver competências técnica, cientifica e ética no âmbito da investigação, ensino e assistência na área da saúde.

Inicialmente, o programa admitia apenas médicos, visando estudos focados na prevenção, promoção e tratamento das doenças. Coincidindo com a criação dos Cursos de Terapia Ocupacional, Fisioterapia, Informática Biomédica, Nutrição e Metabolismo na FMRP USP, houve a expansão do perfil de alunos permitindo a participação de alunos não médicos, expandido a inter e multidisciplinaridade.

O programa tem liderança em pesquisas de vanguarda, tem atraído alunos de diversos locais do país e do exterior e os egressos do programa tem nucleado centros de pesquisa e de pós-graduação nas diversas regiões do Brasil. O programa apresenta grande impacto social, em termos tecnológicos e econômicos, educacional, cultural e de solidariedade.