Os laboratórios de pesquisa estão situados em diversos locais da FMRP-USP, incluindo
i) HC-FMRP-USP
iv) Centro de Pesquisa em Virologia
v) Centro Integrado de Emergências em Saúde (CIES) e
vi) Laboratório Multiusuário da FMRP-USP no Prédio da Cirurgia Experimental. Alguns desses são multiusuários, compartilhados por todos os docentes do Programa, enquanto outros são utilizados por docentes desta e de outras faculdades.