Os laboratórios de pesquisa estão situados em diversos locais da FMRP-USP, incluindo
i) HC-FMRP-USP

ii) Bloco B do Anexo A

iii) Hemocentro

iv) Centro de Pesquisa em Virologia

v) Centro Integrado de Emergências em Saúde (CIES) e

vi) Laboratório Multiusuário da FMRP-USP no Prédio da Cirurgia Experimental. Alguns desses são multiusuários, compartilhados por todos os docentes do Programa, enquanto outros são utilizados por docentes desta e de outras faculdades.