Os laboratórios de pesquisa estão situados em diversos locais da FMRP-USP, incluindo
1) HC-FMRP-USP,
3) Hemocentro,
4) Centro de Pesquisa em Virologia,
5) Centro Integrado de Emergências em Saúde e
6) Laboratório Multiusuário da FMRP-USP no Prédio da Cirurgia Experimental.
Alguns desses são multiusuários, compartilhados por todos os docentes do Programa, enquanto outros são utilizados por docentes desta e de outras faculdades.